Wenn ein Programm sich erdreistet, Nautilus als Standard für das Öffnen von Ordnern abzulösen (Hallo, EasyTag!), reicht ein gio mime inode/directory org.gnome.Nautilus.desktop, um den Standard wieder herzustellen.

Mit gio mime inode/directory
lässt sich übrigens nachsehen, welche Programme sich zum Öffnen von Ordnern im System angemeldet haben. Visual Studio Code ist da auch ein möglicher Troublemaker.